醫藥原料自動灌裝機的基本工作原理是利用自動灌裝機通過計量方式，將一定的藥劑精確地灌裝進一個具有一定容量的容器中。一般來說，自動灌裝機通常選用凸輪式的灌裝原理。
在設備的旋轉過程中，凸輪會帶動灌裝器和注射器進行灌裝動作，灌裝器在灌裝過程中將液體藥劑精確注入容器，注射器通過活塞向容器中注射粘稠液體藥劑，通過灌裝完成整個過程。在灌裝過程中，可以設置開關讓藥品自動灌裝機自動停止工作，當容器的藥劑數量達到預設值時就會自動停止灌裝。
醫藥原料自動灌裝機通常由機座、加藥系統、灌裝系統、控制系統和增量組成。其中，加藥系統主要由藥液箱和泵組成，藥品液體通過泵抽出并噴入到灌裝器中；灌裝系統主要是灌裝器和注射器，它們不斷調整以適應各種不同的藥劑；控制系統通常采用微電腦控制，可以控制整個灌裝過程的精度和速度；而增量系統則主要是通過計量裝置來確保藥品灌裝的精確度。
在使用醫藥原料自動灌裝機時，需要注意以下幾點：先將藥品準備好，然后將藥品裝入容器，啟動設備進行灌裝，當容器的藥劑數量達到預設值時設備會自動停止工作，最后關閉設備清理設備。
此外，還有一種半自動虹吸式農藥自動灌裝機的工作原理，它主要通過灌裝泵進行液體調配和自動灌裝。在操作過程中，應全程佩戴相應的防護用品，避免操作過程中對身體產生損傷。
總的來說，醫藥原料自動灌裝機的工作原理主要包括通過計量方式將藥劑精確地灌裝進容器中，并通過控制系統來控制整個灌裝過程的精度和速度。同時，在使用過程中需要注意安全事項，以確保操作的安全性和灌裝的精確性。